V prípade, ak má žiadateľ nárok na odpočet DPH na vstupe podľa § 49 ods. 2 zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov, nie je DPH oprávneným nákladom rozpočtu. Bližšie vysvetlenie je uvedené v kapitole 4. Príručky pre implementáciu Plánu obnovy a odolnosti SR.