Ak držiteľ povolenia poruší svoje povinnosti určené atómovým zákonom, všeobecne záväznými právnymi predpismi vydanými na jeho základe alebo podmienky určené v súhlase alebo povolení, môže ÚJD SR vydaný súhlas alebo povolenie zmeniť alebo zrušiť.

Ak hrozí nebezpečenstvo z omeškania alebo pri vzniku závažných skutočností dôležitých z hľadiska jadrovej bezpečnosti, fyzickej ochrany alebo havarijnej pripravenosti, ÚJD SR  rozhodne o obmedzení rozsahu alebo platnosti povolenia alebo uloží držiteľovi povolenia vykonať nevyhnutné opatrenia, prípadne rozhodne o zastavení prevádzky jadrového zariadenia.

ÚJD SR je tiež oprávnený ukladať pokuty za porušenie ustanovení atómového zákona. Konanie o uloženie pokuty možno začať do jedného roka odo dňa, keď ÚJD SR zistil porušenie povinnosti, najneskôr však do troch rokov odo dňa, keď k porušeniu povinnosti došlo. Pri ukladaní pokuty a určení jej výšky sa prihliada najmä na závažnosť, spôsob, čas trvania a možné následky porušenia povinností, na spoluprácu a prístup dozorovaných subjektov alebo dotknutých fyzických osôb alebo právnických osôb pri odstraňovaní následkov nedostatkov a k prijatým opatreniam. V odôvodnených prípadoch môže UJD SR od uloženia pokuty upustiť.

Uložením pokuty držiteľovi povolenia alebo iným fyzickým osobám alebo právnickým osobám zostáva nedotknutá ich trestná zodpovednosť, ako aj trestná zodpovednosť ich zamestnancov. Pokuty sú príjmom Národného jadrového fondu na vyraďovanie jadrových zariadení a na nakladanie s vyhoretým jadrovým palivom a rádioaktívnymi odpadmi.